清华大学EMBA教育着力培养能够统领全局的企业领袖。而MBA教育是培养能够掌握一定管理工具和技巧的中层企业管理人员。它们是不同层次的管理教育。

其次，学员构成不同。以清华经管EMBA项目为例，EMBA学生平均年龄40岁，平均工作年限18年，主要是国内外知名民营、跨国公司的高层管理人员，85％以上为公司的副总经理以上级别。而MBA学生平均年龄29岁，平均工作年限7年。

再次，因为EMBA学生实战经验更丰富，在师资、教学内容和教学方式上EMBA教育要求更高。

再者，EMBA更注重学生间经验的交流和分享。因为EMBA学生大多有成功运作企业的经验，相互的借鉴和学习至关重要。